Nel corso dei sette secoli trascorsi dalla sua origine l'Ente ha attraversato vicende istituzionali estremamente articolate.

I cosiddetti "Luoghi Pii" nati nella città di Milano su impulso di benefattori per dare assistenza ai bisognosi, documentati dal 1305, nel corso del tempo hanno raggiunto un numero cospicuo (una quarantina nel '700). Si è così posto in modo sempre più stringente il problema del coordinamento e del controllo della loro azione.

Una prima soluzione si è avuta con il concentramento delle cinque principali istituzioni milanesi nei "Luoghi Pii Elemosinieri" (1801); successivamente, un'ulteriore razionalizzazione delle altre Opere Pie esistenti è stata promossa dalla Congregazione di Carità (1862).
Tutta questa vicenda non ha comunque messo in discussione due elementi fondamentali:

• la sopravvivenza di una autonoma personalità giuridica delle Opere Pie raggruppate;
• la loro origine sostanzialmente privatistica.

Con finalità assistenziali, sanitarie (fino al 1968 gestivano anche gli ospedali), educative e di avviamento professionale, le IPAB per lungo tempo sono state le uniche istituzioni a garantire l'esercizio di funzioni assistenziali pubbliche, in quanto lo Stato, fino alla metà del Novecento, non se ne occupava ancora direttamente.

Dopo la parentesi degli anni 1937 - 1978, durante la quale l'amministrazione è confluita nell'Ente Comunale di Assistenza di Milano, le IPAB hanno mantenuto una posizione di rilievo anche nonostante il trasferimento ai Comuni delle funzioni relative all'organizzazione e all'erogazione dei servizi di assistenza e beneficenza, attuato con il DPR n. 616 del 1977, ove era ipotizzata addirittura la loro soppressione, poi accantonata in seguito alle successive pronunce di incostituzionalità.

L'Amministrazione delle IPAB di Milano, costituitasi nel 1978 in seguito allo scioglimento dell'ECA, ha quindi conservato la configurazione giuridica di IPAB, all'interno della quale sopravvivevano, conservando la propria autonomia patrimoniale e di bilancio, diverse Opere Pie, ed in particolare "Luoghi Pii Elemosinieri", "Camillo Golgi" e "Piero Redaelli".

Per quanto inserito da molto tempo nel settore pubblico, l'Ente si è sempre finanziato in modo sostanzialmente autonomo, dal momento che non fruisce di contributi ma viene remunerato in relazione alla quantità e alla qualità delle prestazioni erogate. Di conseguenza, ha conservato nel tempo un'impostazione di stampo privatistico nello svolgimento della propria attività istituzionale.